קיימות שתי שיטות עיקור למכשירים רפואיים המשמשים בניתוח, כלומר עיקור בטמפרטורה גבוהה ועיקור בטמפרטורה נמוכה.
1. שיטת עיקור בטמפרטורה גבוהה היא שימוש בחום גבוה כדי לסתור חלבונים מיקרוביאליים כדי להשיג את המטרה של הרג חיידקים. זהו התרופה הנפוצה ביותר מבחינה קלינית, ובדרך כלל נעשה שימוש בסטריליזציה בקיטור בלחץ, המתאים למכשירים ולמוצרים שיכולים לעמוד בפני לחות וחום גבוהים. יש גם עיקור בקיטור הבזק, שניתן להשתמש בו עבור מכשירים וחפצים חשופים.
שנית, עיקור בטמפרטורה נמוכה, לעתים קרובות באמצעות עיקור אתילן אוקסיד. היישום הקליני ביותר, היתרון הוא שהוא אינו פוגע בפריטים המעוקרים, בעל כוח חדירה חזק, ובעל השפעה טובה של הרג מיקרואורגניזמים. עיקור אדים של פורמלדהיד בטמפרטורה נמוכה יכול לשמש עבור מכשירים רפואיים שאינם יכולים לעמוד בטמפרטורות גבוהות.
